行政合同是在非平等主体之间签订的、以实现某种行政管理为目的新型合同，它具有合同的一般共性，同时又是行政主体行使的区别于一般权力性质的一种特殊形式的具体行政行为。因而对行政合同的司法审查，既要遵循行政诉讼的基本原则，对行政合同行为的合法性进行审查，又要遵循合同的一般规则，对合同的效力予以审查和认定，以达到最终解决合同纠纷的目的。
1、经济利益平衡原则
这一原则是对与行政主体签订合同的对方当事人来说的。这一原则既维持了合同双方当事人法律地位的平衡，同时又维护了双方的经济利益，使行政主体的特权和相对人的权利在实现国家行政管理目的的宗旨下相辅相成，体现了行政合同的功能与目的，实现了国家或公共利益与私人利益的平衡，也适应了行政诉讼司法审查的需要。
2、调解原则
中国行政诉讼法第五十条规定，人民法院审理行政案件，不适用调解。 依法行政原则并非像自然科学那样客观准确，而是存有较大的自由裁量空间。在许多情况下，在法律的范围内，行政主体仍有较大的自由判断余地和裁量空间，因此，人民法院审理行政合同案件时，应在合法、自愿的原则上进行调解。
3、合法性审查原则
行政合同的合法性审查和单方行政行为的合法性审查具有共同特点，即对具体行政行为是否合法作出评价，包括行为的主体、内容和程序是否合法。但行政合同又具有合同的一般特点，如订立合同的主体资格、合同的内容和形式是否有效、合同双方当事人变更和解除合同是否合法、违约责任的承担等。由于实践中大量的行政合同纠纷都是因行政主体违法或不当行使特权而引起的。行政特权一方面使行政合同按照既定的目标顺利有效地进行，为国家实现行政管理所必须；另一方面由于行政主体违法或不当行使特权给相对方造成损失，使合同对方当事人的权利无法实现，违背了法治行政和行政合同的宗旨，故而对行政合同行为的合法性审查重心应放在行政主体签订和履行合同的行政特权是否合法与适当、相对人的权利是否真正得到实现上。
4、过错责任原则
行政合同中的过错责任和民事经济合同中的过错责任是相同的，体现了合同责任的共性，即谁有过错，谁承担责任。行政主体因在合同的订立和履行中有过错而给相对方造成损失，应按实际损失大小进行赔偿。如果行政主体不履行或不完全履行合同而又无合法理由，则行政主体应承担违约责任。如果合同相对方有过错，则可能承担金钱制裁（包括违约金和赔偿金）、强制手段、解除合同等形式的制裁。
